共18章
《新世纪福音战士之同人》开篇没有急着制造浪漫，而是从一场误会落笔，让两颗防备的心慢慢有了交集。几次得失推动人物重新认识彼此，表面的矛盾之外，隐藏已久的动机也被慢慢带出。真心与现实正面相撞，都市情感小说里的误解、选择和代价层层递进，人物命运随之发生变化。真相与情感同时抵达临界点，人物必须做出无法撤回的决定，故事也由此进入新的阶段。
第一章 使徒、来袭
第二章 不能逃避
第三章 EVA的驾驶员
第四章 第六使徒
第五章 微笑就好了
第六章 第二少女
第七章 一个人不行……吗
第八章 谢谢
第九章 生命的选择
第十章 世界的终结
第十一章 陌生的世界
第十二章 毁灭的世界
第十三章 只要希望的枪
第十四章 巴黎作战·第三村
第十五章 想和喜欢的人永远在一起
第十六章 大决战——序曲
第十七章 第四次冲击
第十八章 NEON GENESIS
