共44章
《名侦探柯南之黑夜下的面具》一场看似普通的事件留下矛盾痕迹，人物顺着细节追查，却一步步走进更深的迷局。随着秘密逐步揭开，早先看似随意的细节有了新的含义，关系和局势也同时发生变化。人物在得失之间不断改变立场，悬疑推理小说需要的关系拉扯和情节转折，也顺着经历自然生长。当所有人都必须表明立场，前面埋下的线索终于连成一线，真正的选择也留到最后揭晓。
第一章 性格孤僻的转学生
第二章 怀疑他？！
第三章 知道名字
第四章 一番闹剧
第五章 发生命案
第六章 寻找线索（上）
第七章 寻找线索（中）
第八章 寻找线索（下）
第九章 两案合并
第十章 勇也的推理
第十一章 如此真相
第十二章 老人旅游团
第十三章 像鲨鱼般的直觉
第十四章 犯人锁定？！
第十五章 道德、人情与法律（上）
第十六章 道德、人情与法律（中）
第十七章 道德、人情与法律（下）
第十八章 和好
第十九章 日本足球博物馆
第二十章 蹊跷的绑架案
第二十一章 剧情反转
第二十二章 案情分析
第二十三章 试着推理
第二十四章 各怀鬼胎
第二十五章 案件背后的疑云
第二十六章 勇也的目的
第二十七章 勇也的过去
第二十八章 柯南的怀疑
第二十九章 互相调查
第三十章 波澜
第三十一章 柯南的分析
第三十二章 APTX4869的影响力
第三十三章 电话疑云
第三十四章 园子的邀请
第三十五章 对决前奏
第三十六章 疑惑不解
第三十七章 坦诚还是阴谋？
第三十八章 打破制衡
第三十九章 黑色暗爪
第四十章 反击（开幕）
第四十一章 反击（变装）
第四十二章 反击（面对）
第四十三章 反击（威胁）
最终章 再见了，勇也
